Organi dell'Azienda sono:

- Il Direttore generale
- Il Collegio Sindacale

Il Direttore Generale
Il Direttore Generale è l'organo cui competono e sono riservati tutti i poteri di gestione, di governo complessivo, la rappresentanza legale e la funzione di direzione dell'azienda ai sensi di quanto previsto dalle disposizioni normative nazionali e regionali, dalle direttive della giunta regionale o comunque ad esso attribuite da fonti normative diverse dello Stato e della Regione. In particolare il Direttore Generale:
 

• elabora le strategie aziendali e la loro specificazione mediante gli strumenti della programmazione e del controllo della gestione al fine della migliore tutela della salute della popolazione nel territorio;
• adotta gli strumenti della programmazione attraverso: il piano attuativo locale, il bilancio pluriennale e di previsione, il bilancio preventivo economico annuale, eventuali piani di intervento e piani settoriali in esecuzione di disposizioni regionali;
• assicura l'efficiente impiego delle risorse ed il perseguimento dell'equilibrio economico dell'azienda mediante l'utilizzo dei budget assegnati;
• verifica mediante valutazioni comparative dei costi dei rendimenti e dei risultati la corretta ed economica gestione delle risorse attribuite ed introitate, anche con la collaborazione delle unità di staff, nonché l'imparzialità ed il buon andamento dell'azione amministrativa;
• adotta tutti i provvedimenti che si rendono necessari per la conduzione unitaria dell'azienda;
• definisce la struttura organizzativa e funzionale dell'azienda;
• nomina il Direttore Amministrativo e il Direttore Sanitario dell'azienda con provvedimento motivato nel rispetto dei requisiti previsti dalla legge;
• nomina il collegio tecnico sulla base delle designazioni effettuate;
• nomina i responsabili delle articolazioni organizzative dell'azienda secondo le modalità stabilite dalle disposizioni normative e regolamentari.

Il Direttore Generale esercita direttamente tutte le funzioni assegnategli da disposizioni normative, non attribuite ad altri livelli direzionali o dirigenziali da norme di legge o regolamento di organizzazione, ovvero non delegate ai sensi del successivo art. 11. Il Direttore Generale esercita le predette funzioni con atti di diritto privato o, nei casi stabiliti dalla legge, attraverso l'adozione di provvedimenti amministrativi. Gli atti di diritto privato sono retti dal principio di libertà delle forme nei limiti previsti dal codice civile e dalle leggi speciali e, in particolare, non richiedono motivazione, salvo che questa non sia richiesta da specifica disposizione. I provvedimenti amministrativi sono emanati nell'osservanza della legge 241/90 e dei principi generali dell'azione amministrativa. Il Direttore Generale, fermo restando l'obbligo generale di motivazione di cui all'art. 3 della legge 241/90, è tenuto ad esplicitare nei provvedimenti amministrativi in modo puntuale le ragioni per le quali ritiene di non attenersi ai pareri espressi dal Direttore Sanitario, dal Direttore Amministrativo e, nei casi previsti, dal consiglio dei sanitari. Al fine dello snellimento delle procedure e della valorizzazione - responsabilizzazione della dirigenza dell'azienda, il Direttore Generale individua gli atti di competenza della dirigenza in conformità alle disposizioni di legge nell'ambito dei criteri e dei principi definiti dalla direzione strategica, riservandosi l'esercizio del relativo controllo. Di norma solo nelle materie soggette al controllo della Giunta Regionale ai sensi art. 13 della L.R. 11/04 le decisioni vengono assunte con atto deliberativo dal Direttore Generale. Le decisioni in materie non soggette a controllo vengono assunte dal Direttore Amministrativo, dal Direttore Sanitario, dai funzionari destinatari di delega da parte del Direttore Generale o espressamente riconosciute di competenza diretta della dirigenza ai sensi dell'art. 4 del d.lgs. n. 165 del 2001.

Il Collegio Sindacale
Il collegio sindacale, di cui all'art. 3 della legge di riordino, è l'organo di controllo della gestione dell'azienda sotto il profilo economico, finanziario, patrimoniale e dell'osservanza della legge.
In particolare il collegio sindacale:

• vigila sotto l'aspetto amministrativo e contabile, sulla legalità della spesa, la regolarità della liquidazione e della imputazione, mediante verifiche periodiche a campione;
• accerta ogni trimestre la consistenza di cassa;
• vigila sulla gestione economica, finanziaria e patrimoniale, anche attraverso valutazioni sul grado di realizzazione degli obiettivi generali di budget;
• controlla il bilancio di esercizio, la relazione annuale e il conto consuntivo, esprimendo pareri su tali documenti e sui criteri di formazione degli stessi;
• riferisce almeno trimestralmente alla Regione sui risultati dei riscontri eseguiti, denunciando immediatamente i fatti se vi è fondato sospetto di gravi irregolarità; trasmette periodicamente, e comunque con cadenza almeno semestrale, una propria relazione sull'andamento dell'attività dell'Azienda Sanitaria alla Conferenza dei sindaci.

Per l'esercizio delle funzioni di competenza gli atti adottati dal Direttore Generale sono comunicati al collegio sindacale all'atto della loro pubblicazione nell'albo dell'azienda. Entro quindici giorni dal ricevimento dell'atto, il collegio sindacale notifica al Direttore Generale gli eventuali rilievi.
Per l'esercizio delle funzioni e per quant'altro attiene all'Ufficio, l'Azienda destina al collegio locali idonei e arredati e gli assegna personale proprio per le attività di segreteria, nonché dotazioni strumentali ed altre risorse necessarie.